Az 1890-es években vált időszerűvé egy színvonalas budapesti református leánynevelő intézet alapítása. Darányi Ignác egyházkerületi főgondnok (miniszter, az MTA tagja) biztatására Baár János jómódú katolikus pesti polgár tett alapítványt, majd Madas Károly református földbirtokos szintén jelentős összeget hagyott végrendeletében erre a célra, így 1907-ben megnyithatta kapuit a Baár–Madas Református Felsőbb Leányiskola és Nevelőintézet.

Az iskola fenntartóinak, vezetőinek célja, hogy nemzetükhöz, egyházukhoz, családjukhoz hű tisztességes polgárokat neveljenek a haza javára. Így működött államosításáig. Az újjászerveződést 1989-ben engedélyezte a kormány, az első új tanév 1990-ben indult.

A pesti magyar evangélikus egyház (polgári iskolai előzmények után) 1920-ban vette kezelésbe 15 évre az Országos Nőképző Egyesület Veres Pálné utcai épületét. Itt 3 éves továbbképzőt szerveztek olyan lányok számára, akik a IV. polgári után modern nyelveket kívántak tanulni, irodalmi és művészeti általános műveltségre törekedtek, de oklevélre nem volt szükségük. 1927-ben ugyanitt alakult meg az ország első és egyetlen ­leánykollégiuma. Az iskola 1930/31-ben nyolcosztályossá fejlődött, ugyanebben az évben volt az első érettségi vizsga. Az intézmény 1933 szeptemberétől leánygimnáziumként működött, ahol mindenki egyetemre is képesítő érettségi bizonyítványt szerezhetett.

1937-ben az iskola emlékünnepséget szervezett, majd tanárokból, növendékekből álló küldöttség ment Kufsteinbe, ahol emléktáblát helyeztek el a várban raboskodott magyar szabadsághősök (a Martinovics-per és az 1848–49-es szabadságharc elítéltjei) emlékére. A tábla famásolata ma a gimnázium 2. emeletén látható.

Az iskola híres diákjai voltak: Bánáti Éva tornász világbajnok, Bede Anna költő, Hajós Hollanda Éva festőművész, Keleti Ágnes olimpiai és világbajnok tornász, Kékessy Andrea olimpiai és világbajnok műkorcsolyázó, Lelkes Ágnes színművész, Mádi Szabó Katalin előadóművész, Oravecz Edit és Sándor Judit operaénekes.

1948-ban államosították az elemi iskolát és a nyolcosztályos gimnázium alsó négy osztályát. A meghagyott felső tagozatot 1952-ben szüntették meg.

A millenniumot követő századfordulón született döntés az evangélikus főgimnázium városligeti Fasorban emelendő új épületéről. A Pecz Samu műegyetemi tanár tervezte neogót épületegyüttesen a kor legjobb mesterei dolgoztak. Az oktatás 1904 szeptemberében indult, a tankönyveikkel és publikációikkal is kiemelkedő tudós tanárok munkáját – elsősorban Hittrich Ödön, Mikola Sándor, Rátz László, Renner János tevékenysége említendő – az utókor Magyar Örökség díjjal ismerte el 2002-ben. Az önképzőköri munka is rendkívül színvonalas volt: 1912-ben Diák Sportegylet alakult, cserkészcsapat létesült 1913-ban; 1926-ban a Benczúr Gyula Képzőművészeti Kör kezdte meg működését. Az optimális feltételeknek köszönhetően sok kiváló tudós, művész, tanár és orvos indult el az intézményből, közülük is kiemelkedik Wigner Jenő és Harsányi János, a két Nobel-díjas kutató, Neumann János matematikus, a művészeti életből Fényes Adolf, Glatz Oszkár, Doráti Antal és Tátrai Vilmos.

1948-ban államosították az egyházi iskolákat, azonban a Deák Téri Evangélikus Leánygimnázium és a Fasori Gimnázium tovább folytathatta működését. Az egyház végül anyagi nehézségekre hivatkozva 1952-ben államosításra „ajánlotta fel” megmaradt intézményeit. Hazai és külföldi öregdiák-szervezetek kezdeményezései hatására 1989 őszén Gyapay Gábor igazgató irányításával megkezdődhetett a tanítás az újraindított Fasori Gimnáziumban.

„Csiszold gyémánttá a tehetséget”

„Szabó Lőrincen kívül még egy igen jelentős költő kerül majd ki [az 1900-ban születettek a „nagy osztályából”, Gulyás Pál], nemzetközi hírű fizikus, akadémikus, biológus, műfordító, kritikus, színiigazgató, két zeneszerző is, kiváló orvosok és mérnökök, a legfelső bíróság tagjai, gazdasági és igazgatási vezetők. Tanáraink […] módszere az ősi kollégiumé volt: Csiszold gyémánttá a tehetséget.” (Béber László)

A nagyobb magyarországi iskolák zöme hadikórházként szolgált a II. világháború utolsó szakaszában, kifosztva, feldúlva, gyakran romos állapotban érték meg az új korszakot. Az 1946/47. tanévben 8980 oktatási intézmény működött Magyarországon, melyek több mint fele egyházi fenntartású volt. A református egyház 1024 elemi iskolát, 24 gimnáziumot, 4 tanítóképzőt, 1 jogakadémiát és 4 teológiát működtetett. Az evangélikusok összesen 343 oktatási intézményt tartottak fenn, köztük 3 tanítóképzőt és 1 jog­akadémiát.

Az iskolák szerepe döntő volt a társadalom fölötti uralom, a véleménymonopólium, az egypártrendszerű diktatúra építése szempontjából: az országgyűlés 1948. június 16-án szavazta meg államosításukat. A protestáns egyházakkal kötött megállapodás ellenére 1951-ben megszűnt a pápai és a sárospataki teológusképzés, majd 1952-ben a Fasori és a Deák Téri Evangélikus, a Baár–Madas, a Lónyay és a Dóczi Gimná­zium, így a Debreceni Református Gimnázium maradt az egyetlen magyarországi protestáns középiskola.

1989. június 30-án a Magyar Népköztársaság Elnöki Tanácsa megszüntette az Állami Egyházügyi Hivatal működését. Az állami iskolaalapítási monopólium felszámolásának első jeleként 1989. szeptember elsején nyithatta meg kapuit a Fasori Evangélikus Gimnázium, majd 1990 szeptemberében a budapesti (Baár–Madas), illetve a Kecskeméti és a Sárospataki Református Kollégium Gimnáziuma. A volt egyházi ingatlanokról szóló 1991. évi XXXII. törvény hatására felgyorsult a protestáns iskolarendszer újjászervezése. 1990–94 között 48 református és 18 evangélikus intézmény került egyházi fenntartásba, napjainkban már 167 református és 41 evangélikus intézmény működik.

Az evangélikus intézmények napi feladatait a Magyarországi Evangélikus Egyház Országos Irodájának Nevelési és Oktatási osztálya koordinálja a Nevelési és Oktatási Bizottság szakmai támogatásával. 2014-ben jött létre az Evangélikus Pedagógiai-szakmai Szolgáltató és Továbbképző Intézet – az EPSZTI. 1992-ben jött létre a Zsinati Oktatási Iroda elődje, 1994 szeptemberében a Református Pedagógiai Intézet, 1995-ben lépett hatályba a Református Egyház közoktatási törvénye, 1999-ben alapította a Magyarországi Református Egyház Zsinata a Református Tehetséggondozó Alapítványt, majd 2000-ben a Református Pedagógiai Szakszolgálatot. 1996 óta minden esztendőben sor kerül a Kárpát-medencei Magyar Református Középiskolák Találkozójára, 2010 óta működik a Kárpát-medencei Oktatási Alap és a református oktatási intézmények közös tanévnyitója.